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Bio-informaticiens : un expert de la santé, de l'environnement et de l'informatique

Pour ces scientifiques à double compétence, la voie incontournable est un bac + 5, que ce soit en master universitaire ou en école d’ingénieurs.

Leur discipline est peu connue, mais ils sont devenus incontournables dans tous les domaines de la biologie, et notamment dans les recherches sur la génétique largement médiatisées par le Téléthon ou le Généthon.

Les bio-informaticiens sont à la conjonction entre biologie et informatique, mais peuvent aussi utiliser des outils statistiques, mathématiques… « A l’origine, le terme de bio-informatique s’appliquait à l’analyse de génomes et des séquences, explique Hubert Charles, responsable de la filière bio-informatique et modélisation à l’Insa Lyon (Rhône). L’augmentation spectaculaire des capacités de séquençage de l’ADN, depuis 2000, a entraîné l’essor de la bio-informatique, qui a aujourd’hui une autre définition plus générale, impliquant tous les champs de la biologie. »

Les applications sont nombreuses : dans la santé, surtout, mais aussi l’environnement, l’agronomie (par exemple, pour le traitement des données dans le cadre des sélections de semences), ou même l’agroalimentaire, où les industriels ont de plus en plus besoin d’outils pour disséquer et optimiser les levures ou bactéries utilisées dans les aliments pour en améliorer les goûts ou les textures, notamment.

« Nous recevons plus de 10 offres de stage par étudiant »
Pour ces scientifiques, la voie incontournable est un bac + 5, que ce soit en master universitaire ou en école d’ingénieurs. Il existe une vingtaine de masters différents en France pouvant former des bio-informaticiens, chacun ayant ses spécificités. « Notre master est plus adapté à des étudiants ayant effectué un cursus en biologie », explique François Enault, responsable du master analyse et modélisation des données à Clermont-Ferrand (Puy-de-Dôme). D’autres s’adressent au contraire plutôt à des informaticiens de formation. « Ces différents types de publics et de filières sont justifiés par le large panel de bio-informaticiens différents, poursuit François Enault. D’une personne capable d’utiliser les outils informatiques et mathématiques pour mener des analyses biologiques à une personne capable de développer de nouvelles méthodes d’analyse et des solutions logicielles. »

Les masters peuvent aussi être adossés à d’autres spécialités : génétique et physiologie pour celui de Clermont, biologie et biologie structurale pour celui d’Aix-Marseille (Bouches-du-Rhône) ; d’autres sont davantage orientés vers les mathématiques, comme celui de Lyon-I (Rhône)

Mais, dans tous les cas, ces scientifiques, qu’ils se tournent vers l’ingénierie ou la recherche, doivent avoir une véritable double compétence en biologie et informatique. Cette interdisciplinarité fait souvent peur aux étudiants, regrettent les responsables de formation. Pourtant, les débouchés ne manquent pas. « Depuis le début des années 2000, de nombreuses techniques de biologie ont bénéficié de progrès considérables, ce qui a entraîné un réel changement d’échelle dans la quantité des données générées », précise François Enault. Des masses de données qui rendent de plus en plus indispensable l’utilisation d’outils informatiques et statistiques pour en tirer profit. Ainsi, dans la filière bio-informatique de la prestigieuse Insa Lyon, selon Hubert Charles, « nous recevons plus de 10 offres de stage par étudiant. Et le taux d’emploi est de 100 % à la sortie du stage, même s’il y a beaucoup de CDD, notamment parce que le cursus est plutôt orienté recherche et que beaucoup poursuivent sur une thèse ». Avec, pour tous, des perspectives aussi bien dans le privé que dans le public, et de multiples possibilités d’évolutions, dans une discipline encore toute jeune.

TEMOIGNAGE

Alban LERMINE, 31 ans, bio-informaticien à l’Institut Curie (Paris)

« Je travaille dans la recherche contre le cancer »

Alban Lermine met actuellement ses compétences en biologie et en informatique au service de la recherche contre le cancer. Dans son unité de recherche cancer et génome, cofinancée par l’Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm) et l’Institut Curie, il travaille sur la récupération, l’organisation et le traitement des données de séquençage ADN.

« C’est le premier niveau d’analyse. Il s’agit de fournir les données aux unités de recherche en biologie. Concrètement, j’écris des programmes informatiques pour automatiser les processus de récupération des données. » Pour cela, il doit comprendre ces données et les problématiques des biologistes pour les restituer au mieux.

« J’ai vraiment un pied dans les deux mondes, informatique et biologie », se réjouit-il. Ce travail est utile dans les deux types de projets menés à l’Institut Curie : la « recherche pure et dure », où il s’agit de chercher les causes de cancer aux niveaux moléculaire et cellulaire, et le volet diagnostic et étude clinique, visant à adapter les traitements.

Après une licence de biochimie et un master de biologie à Montpellier-II (Hérault), Alban, passionné d’informatique, s’est tout naturellement dirigé vers le master de bio-informatique de son université. Avant son poste actuel, il a enchaîné plusieurs CDD, notamment à l’Institut national de la recherche agronomique (Inra). « Dans ce métier, on a la possibilité de s’intéresser à des thématiques très variées.« Avant le séquençage d’ADN, j’ai travaillé sur les protéines, sur les plantes et même sur le vin, pour une start-up. »

A chaque fois, la même curiosité pour découvrir un nouveau monde, et une nécessaire capacité d’adaptation pour apprendre et comprendre les enjeux. Au niveau informatique aussi, Alban trouve son métier passionnant : il faut innover constamment, trouver de nouvelles méthodes, tout en s’adaptant à l’évolution des outils. Alban Lermine touche un revenu d’environ 2 000 € net par mois. « C’est plutôt un salaire de débutant, mais c’est très variable, surtout entre le public et le privé. »


EN SAVOIR PLUS
À LIRE
« Bioinformatique : Cours et cas pratiques », de Gilbert Deléage et Manolo Gouy, Ed. Dunod, mai 2013, 256 pages. 23 €.
« Bioinformatique : Génomique et post-génomique », de Frédéric Dardel et François Képès, Ed. de l’Ecole polytechnique, 2002, 246 pages. 29,50 €.

À CONSULTER
Le site de la Société française de bioinformatique : www.sfbi.fr.
Un blog réalisé par des bioinformaticiens passionnés du monde francophone pour mieux faire connaître leur discipline : http://bioinfo-fr.net.

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14.03.2014

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